I detta slutbetänkande lämnas förslag till förbättringar av järnvägssystemets organisation. Baserat på delbetänkandet och de synpunkter som lämnats på detta, preciserade regeringen denna del av uppdraget genom att den 3 april 2014 besluta om ett tilläggsdirektiv där sju områden pekades ut för fortsatt analys:

• järnvägens framtida utveckling,
• rollfördelning och samordning,
• transporttjänster av god kvalitet på en öppen marknad,
• användning och tilldelning av kapacitet,
• byggande och underhåll av infrastrukturen,
• tillgång till tjänster samt reglering,
• tillsyn och uppföljning.

I arbetet med slutbetänkandet har utredningen haft kvar att utreda ett mycket stort antal frågor, med stor spridning i karaktär. Flera frågor har också visat sig vara väsentligt mer tidskrävande att hantera än vad som kunnat förutses från början. Med hänsyn till det omfattande uppdraget och utredningens tidsramar har det varit nödvändigt att göra hårda prioriteringar mellan olika delar av uppdraget. I detta slutbetänkande lämnas i flera fall därför endast förslag på en inriktning för fortsatt hantering av frågorna, liksom förslag på fortsatt utredning av vissa frågor i särskild ordning.