Biträdande polischef Axel Steen får en dag ett samtal som väcker det förflutna till liv. Han blir kontaktad av kriminaltekniska avdelningen som har funnit nya DNA-spår i ett gammalt våldtäktsfall. 2004 skakades Köpenhamn av en brutal våldtäkt på en ung student. Axel Steen jobbade med fallet då och får nu, fyra år senare, återigen jobba med det fall som kostade honom hans äktenskap och nästan hans karriär.

En rad omständigheter försvårade arbetet förra gången och fallet förblev olöst. Men nu kommer nya ledtrådar fram. Samma våldtäktsman lyckas sprida skräck i Nørrebro igen. Den här gången ska ingenting hindra Axel från att ställa gärningsmannen inför rätta.

Bye Bye Blackbird utspelar sig i det nutida Köpenhamn. En tuff, modern storstad där våldet när som helst kan drabba en.